1、甲氧芐啶與磺胺類藥合用可使細菌的葉酸合成代謝遭到雙重阻斷，有協同抗菌作用，并可使其抑菌作用轉為殺菌作用。
2、甲氧芐啶與小檗堿、土霉素、氨芐西林、慶大霉素、卡那霉素、阿米卡星、林可霉素、磷霉素聯用有顯著的增效作用。
3、甲氧芐啶與多黏菌素、春雷霉素聯用其增效作用可達2-32倍。
4、甲氧芐啶與吡哌酸、氟哌酸聯用增效作用顯著，且藥物不良反應也低于單獨用藥。
5、甲氧芐啶與頭孢羥氨芐聯用可增強療效，并延緩細菌耐藥性的產生。
6、氨苯砜與甲氧芐啶同用可使兩者血藥濃度升高，氨苯砜濃度的升高可使不良反應增多且加重，尤其是正鐵血紅蛋白血癥的發生。
7、甲氧芐啶可干擾苯妥英的肝內代謝，使苯妥英的血清半衰期延長50%，并使其清除率降低30%。
8、甲氧芐啶與普魯卡因胺同用可降低其腎清除率。
9、甲氧芐啶與華法林同用可抑制華法林的代謝而增強其抗凝血作用。
10、甲氧芐啶與環孢素同用可增加腎毒性。
11、骨髓抑制劑與甲氧芐啶同用可能使發生白細胞、血小板減少的機會增多。
12、甲氧芐啶與抗腫瘤藥、2,4-二氨基嘧啶類藥物同用，有可能引起骨髓再生不良或巨幼紅細胞貧血。
13、甲氧芐啶與利福平同用可使甲氧芐啶清除增加、血清半衰期縮短。