1、系統治療：急性甲溝炎應盡快采取有效治療，防止出現甲床損傷。可選擇抗菌譜能覆蓋需氧菌和厭氧菌的廣譜抗菌藥物治療，如阿莫西林/克拉維酸，若48小時癥狀未見改善，應采取外科治療。慢性甲溝炎根據需要給予抗真菌藥物（首選唑類藥物）或抗菌藥物治療，治療需持續至炎癥消退、甲小皮重建并粘附在甲板上，常需3個月以上。對于反復出現急性加重的患者，可采取皮損內或系統應用糖皮質激素聯合系統抗菌藥物治療1周。由西妥昔單抗引起的慢性甲溝炎可給予口服多西環素，每次100mg，每日2次。
2、外科治療：急性甲溝炎當感染淺表且局限時，可進行切開引流。若感染深在，在局麻下，將甲板近端1/3掀起并在近端甲皺襞下放置引流條引流分泌物。由嵌甲繼發的慢性甲溝炎只需將甲板拔除即可。
3、局部治療：外用唑類抗真菌藥物或外用克拉霉素溶液，合并抗炎治療，如外用中效或強效糖皮質激素類藥膏。對于常規治療失敗者，可采取外科治療或低劑量淺表放射治療。藥物誘發的假性化膿性肉芽腫性甲溝炎可每日外用2%莫匹羅星/丙酸氯倍他索軟膏。