狼瘡腎炎病變既可累及腎小球，也可累及腎小管以及腎血管及間質。其病變程度、范圍、類型因人而異，至今尚缺乏一種完善的病理分類形式。兒童狼瘡腎炎多使用WHO分類法及國際小兒腎臟病科研協作組(ISKDC)分類法并用Pirani積分法作為補充，且Pirani積分法較病理分型更能反映腎病變的嚴重性和活動性也能反映狼瘡腎炎的治療效果。
(1)WHO病理分型：括弧中為國際小兒腎臟病科研協作組(ISKDC)分類法。
①WHOⅠ型(ISKDC1a，1b)：本型罕見為正常腎小球或輕微病變，極少部分患兒免疫熒光或電鏡下可見腎小球有少許沉積物。
②WHOⅡ型(ISKDC2a，2b)：系膜增殖型腎小球腎炎，病變局限于系膜區，表現為程度不等的系膜細胞和基質增多系膜區免疫沉積物陽性僅有輕度節段性系膜增生者為2a型，系膜和系膜細胞增生為2b型。本型多表現為輕度血尿或蛋白尿，很少發生腎功能不全。
③WHOⅢ型(ISKDC3a，3b和4a)：局灶節段增殖型腎小球腎炎，部分腎小球存在急性或慢性病變，如節段性細胞增生、細胞壞死、內皮細胞增生、纖維素樣壞死、白細胞浸潤、透明血栓、系膜區和毛細血管壁見IgG、IgA、Clq、C3C4、白細胞介素等沉積約半數以上腎小球正常。臨床上可表現為蛋白尿、血尿，高血壓和輕度腎功能不全，亦可為腎病綜合征。ISKDCAa指50%以上腎小球受累。
④WHOⅣ型(ISKDC5a，5b)：彌漫增生性腎炎、狼瘡腎炎中半數以上是本型，病變廣泛且嚴重，幾乎全部腎小球受累，呈活動性毛細血管內增殖性改變，中性粒細胞滲出，纖維素樣壞死；毛細血管壁顯著增厚，管壁內透明血栓；壞死節段常見細胞性新月體；嚴重病例呈彌漫性壞死和新月體性腎炎，部分病例呈不同程度腎小球硬化。免疫熒光見所有腎小球、腎小管、包氏囊及球外毛細血管基底膜有各種免疫球蛋白補體沉積，尤其是內皮下沉積明顯，呈“滿堂亮”現象不規則大塊內皮下沉積物使光鏡下見毛細血管襻僵硬毛細血管基底膜增厚呈“白金耳”現象(wire loops)。
本型還存在嚴重的小管間質病變，顯著的單核細胞浸潤，壞死性血管炎臨床上本型患兒多為重癥、血尿、蛋白尿、高血壓腎病綜合征、腎功能不全，如不給予積極治療易進展為終末期腎功能衰竭。
⑤WHOⅤ型(ISKDC6)：膜性腎病病變似特發性膜性腎病，表現為毛細血管襻的彌漫性增厚，后期基底膜增厚呈釘突樣表現，但不同的是同時也見一定程度系膜與內皮細胞增生及系膜基質擴張。本型可進一步分為Ⅴa型：與原發性膜性腎病極似，細胞增生、浸潤不明顯；Ⅴb型：伴彌漫性系膜病變；Ⅴc型：伴局灶節段性細胞增生，浸潤與硬化；Ⅴd型：伴彌漫增生性病變或新月體形成。a、b亞型較c、d亞型預后好，表明附加病變影響預后
⑥WHOⅥ型：腎小球硬化型，此型與其他腎小球疾病晚期硬化相似，常伴隨以上各型腎小球病變，如局灶節段或彌漫增殖性病變。部分人表現為單純腎小球硬化。
狼瘡腎炎可以發生病理類型轉化，如局灶增殖轉化為彌漫性增殖，膜性腎炎轉化為局灶節段增殖或彌漫增殖，系膜增殖可轉變為局灶節段增殖等。
(2)腎小管及間質病變：狼瘡腎炎中約50%～70%有腎小管間質病變常見于彌漫增殖型，也見于局灶型，少見于膜型腎炎，罕見于系膜增生型。病變以小管萎縮，小管基底膜增厚電子致密物沉積于小管基底膜及間質嚴重者出現小管壞死。
(3)腎小血管病變：常見以下幾種類型：
①高血壓引起的血管病變常見。
②小葉間動脈及出入球小動脈呈內皮細胞腫脹、破壞血管內血栓，IgG、C3沉積于血管壁，無炎癥反應。
③壞死性小血管炎抗中性粒細胞質抗體(ANCA)陽性
④腎臟血栓微血管病(renal thrombotic microangiopathy)在無壞死的基礎上出現腎小動脈及間質毛細血管血栓，繼而發展為腎小球硬化。