纖維肌痛綜合征多見于女性，最常見的發病年齡25—45歲。其臨床表現多種多樣，但主要有下述4組癥狀：
1.主要癥狀：全身廣泛疼痛是所有纖維肌痛綜合征病人都具有癥狀。雖然有的病人僅主訴一處或幾處疼痛，但1/4的病人疼痛部位可達24處以上。疾病遍布全身各處，尤以中軸骨骼（頸、胸椎、下背部）及肩胛帶、骨盆帶等處為常見。其他常見部位依次為膝、頭、肘、踝、足、上背、中背、腕、臀部、大腿和小腿。大部分病人將這種疼痛描寫為刺痛，痛得令人心煩意亂。
另一個所有病人都具有癥狀為廣泛存在的壓痛點，這些壓痛點存在于肌腱、肌肉及其他組織中，往往呈對稱性分布。在壓痛點部位，病人與正常人對“按壓”的反應不同，但在其他部位則無區別。
2.特征性疾病：這一組癥狀包括睡眠障礙、疲勞及晨僵。約90%的病人有睡眠障礙，表現為失眠、易醒、多夢、精神不振。夜間腦電圖顯示有α波介入到非快支眼節律中，提示缺乏熟睡。50—90%的病人有疲勞感，約一半病人疲勞癥狀較嚴重，以至于感到“太累，無法工作”。晨僵見于76—91%的病人，其嚴重程度與睡眠及疾病活動性有關。
3.常見癥狀：這一組癥狀中最常見的是麻木和腫脹。病人常訴關節、關節周圍腫脹，但無客觀體征。其次為頭痛、腸激惹綜合征。頭痛可分偏頭痛或非偏頭痛性頭痛，后者是一種在枕區或整個頭部的壓迫性鈍痛。心理異常包括抑郁和焦慮也比較常見。此外病人勞動能力下降，約1/3的病人需改換工作，少部分人不能堅持日常工作。以上癥狀常因天氣潮冷、精神緊張、過度勞累而加重，局部受熱、精神放松、良好睡眠、適度活動可使癥狀減輕。
4.混合癥狀：原發性纖維肌痛綜合征很少見，大部分纖維肌痛綜合征病人都同時患有某種風濕病。這時臨床癥狀即為兩者癥狀的交織與重疊。纖維肌痛綜合征常使與之共存在風濕病癥狀顯得更嚴重，如不認識這種情況常會導致對后者的過度治療和檢查。