直到1965年Weigert,M.和Ggaren,A由堿性磷酸酶基因中色氨酸位點的氨基酸的置換證明E.coli中無義密碼子的堿基組成揭示了琥珀和赭石（ochre）突變基因分別是終止密碼子UAG和UAA。當時64個密碼中的61個已破譯，只留下了UAA、UAG 和UGA有待確定。Garen等為了鑒定無義密碼子采用了和Brenner相似的策略。他們從E.coli的堿性磷酸酯酶基因 (pho A)中的一個無義突變品系中分離了大量的回復突變株，然后來探察每一個無義突變中在多肽中相當于已回復的無義密碼子位置上的氨基酸究竟是什么氨基酸。可以看出無義密碼子是從該基因的色氨酸位點的密碼子產生的。在回復突變中，無義密碼子變成了Trp、Ser、Tyr、Leu、Glu、Gln和Lys的相應密碼子。僅有Trp的UGG變成UAG，然后在此基礎上回復突變成7種氨基酸，因此Trp 產生的無義突變的密碼子就是UAG。最后1967年Brennr和Crick證明UGA是第三個無義密碼子。根據無義突變的三種昵稱，三個終止密碼子UAA叫赭石（ochre）密碼子（相應于赭石突變）；UAG叫琥珀密碼子（相應于琥珀突變）；UGA叫蛋白石（opal）密碼子（相應于蛋白石突變）。
最近研究發現線粒體和葉綠體使用的遺傳密碼稍有差異，線粒體和葉綠體的終止密碼子有四個，是UAA，UAG，AGA，AGG。