根據病史、實驗室檢查、影像學CT或MRI可輔助診斷。
內鏡是結腸潰瘍主要的診斷標準：
1.感染性腸炎多為節段性分布或連續分布不規則深大潰瘍，環形潰瘍為主。
偽膜性腸炎常累及左半結腸，而直腸可無病變。內鏡肉眼觀察：輕者僅可見黏膜充血水腫，血管紋理不清，呈非特異性腸炎表現；稍重者可見黏膜散在淺表糜爛，偽膜呈斑點狀分布，周邊充血；嚴重病例偽膜呈斑片狀或地圖狀，偽膜不易脫落，部分脫落區可見潰瘍形成。偽膜具有特征性，對臨床診斷有重要意義。
腸結核多合并午后低熱、盜汗等癥狀，內鏡下病變主要在回盲部，內鏡下見病變腸黏膜充血、水腫，潰瘍形成，典型病變為環形潰瘍，大小及形態各異的炎癥息肉，腸腔變窄等。活檢如能找到干酪樣壞死性肉芽腫或結核分枝桿菌具確診意義。
2.潰瘍性結腸炎病變多局限于直腸、乙狀結腸或左半結腸，彌漫性病變患者則從直腸、乙狀結腸蔓延至全結腸，呈連續性分布，多以淺潰瘍為主，部分重癥或合并腸道感染患者可呈深大潰瘍。
克羅恩病潰瘍則呈跳躍性分布，回盲部病變為主，可累及全消化道。輕度病變多為點狀潰瘍潰瘍，中重度患者，潰瘍融合后呈不規則深大潰瘍，多為縱行分布。
3.白塞病腸道潰瘍多見于回盲部、橫結腸和升結腸，少數可見于胃和食管下段。典型表現為回盲部單發或多發邊界清晰的圓形或類圓形深淺并存潰瘍。
4.放射性腸炎必須有腫瘤放射治療史，照射后數日出現里急后重，排粘液便、腹痛等，數周甚至在半年內，臨床上出現腸道功能紊亂(便秘或腹瀉)，不同程度的腹痛，便血、肛門刺痛、大便時墜痛等直腸反應。纖維腸鏡檢：粘膜水腫、充血、出血灶、糜爛乃至壞死。