臨床表現因腸穿孔發生早或晚而不同，如生前腸穿孔已愈合，出生時一般情況好，但以后有反復出現的粘連性腸梗阻癥狀；穿孔如未愈合則出現氣腹，腹壁紅腫伴靜脈怒張。
急性胎糞性腹膜炎的早期有腹膜刺激癥狀，如腹痛、壓痛、腹肌緊張和反跳痛等。后期由于感染和毒素吸收，主要表現為全身感染中毒癥狀。腹痛往往劇烈（但在新生兒及小嬰兒期表現不明顯），不能忍受，呈持續性。深呼吸、咳嗽，轉動身體時都可加劇疼痛。故患兒不愿變動體位，疼痛多自原發灶開始，炎癥擴散后蔓延至全腹，但仍以原發病變部位較為顯著。
可出現惡心嘔吐，嘔吐物為胃內容物后期出現麻痹性腸梗阻時嘔吐物轉為黃綠色，含膽汁液，甚至為棕褐色糞樣腸內容物。由于嘔吐頻繁可呈現嚴重脫水和電解質紊亂。
突然發病的胎糞性腹膜炎，開始時體溫可正常，之后逐漸升高。體弱的患兒，體溫不一定隨病情加重升高，脈搏通常隨體溫的升高加快。如果脈搏增快而體溫反而下降，多為病情惡化的征象，必須及早采取有效措施。
胎糞性腹膜炎進入嚴重階段時常出現高熱、大汗、口干、脈快，呼吸淺促等全身中毒表現。后期由于大量毒素吸收，患兒處于表情淡漠、面容憔悴、眼窩凹陷、口唇發紺、肢體冰冷、皮膚干燥有花紋、呼吸急促脈搏細弱，體溫劇升或下降，血壓下降，休克及酸中毒。若病情繼續惡化，終因肝腎衰弱及呼吸循環衰竭而死亡。