典型的腺病毒載體系統如：穿梭質粒pCA13/腺病毒基因組質粒pBHG11/包裝細胞293細胞。pCA13/的HCMV IE啟動子－多克隆位點－SV40 AN（poly A）構成外源基因的表達盒，該表達盒的插入使腺病毒E1基因缺失，但是保留其兩端側翼序列（左側的1~3bp的ITR，右側從3.5kb到末端的維持病毒裝配和活力必須的蛋白IX的基因），也保留了腺病毒的包裝信號φ（194~358bp）；pBHG11則保留了腺病毒基因組的絕大部分，但是缺失了包裝信號φ、0.5~3.7圖距（mu）部分的E1區、77.5～86.2mu的E3區，293細胞是整合有Ad5 E1基因的人胚腎細胞系。pBHG11因為缺失包裝信號及E1區而不能復制，pCA13帶有包裝信號及E1的側翼序列，但是缺失E1區及腺病毒絕大部分基因組，同樣不能復制。外源目的基因插入pCA13后，與pBHG11共轉染，進入293細胞。pCA13與pBHG11在細胞內發生同源重組，同時，293細胞提供E1蛋白，從而包裝產生腺病毒顆粒。該病毒的蛋白質外殼同野生型腺病毒相似，具有同樣的感染力進入靶細胞的能力，但是基因組DNA的E1區被外源目的基因取代，即進入靶細胞后病毒不能復制，但可以表達目的蛋白。