因機體免疫功能嚴重缺陷，所以臨床表現是多系統的變化，并無特異性。由感染病毒開始至出現明顯的臨床表現，可有近10年的潛伏期，所以感染HIV病毒早期無明顯不適。發病后可有發熱、咽炎、淋巴結腫大，頭痛、關節痛、厭食、惡心、嘔吐、體重下降、皮疹和周圍神經病變等。根據HIV對不同器官的影響，HIV外科感染的表現可總結為以下幾點。
1.肛門直腸
常見疾病有直腸潰瘍、肛瘺、肛周膿腫，表現為肛門劇痛、潰瘍、出血等。
2.結腸
常見疾病有結腸炎，表現為下腹疼痛伴發熱，嚴重者可以出現血性粘液便。中毒性巨結腸癥以及腸穿孔可危及生命。
3.闌尾
HIV發病者中闌尾穿孔發生率高，表現為慢性腹痛進行性加重，伴腹瀉。
4.食管
大部分HIV感染者中可以出現食管潰瘍，表現為吞咽困難及胸骨后不適，嚴重者有食管穿孔。
5.胃及小腸
常見疾病有胃炎，胃十二指腸潰瘍，表現為腹痛、腹瀉及消化道出血。
6.肝、膽、胰系統
常見疾病有結石性膽囊炎、肝炎、急性胰腺炎，表現為腹痛、黃疸、肝功能異常等。