首先，所有過敏毒素均存在6個半胱氨酸殘基，參與形成三個鏈內二硫鍵，這6個半胱氨酸的相對位置是保守的。過敏毒素氨基酸中存在一核心區(如C3a第22~57氨基酸)，此核心區決定了過敏毒素的總體骨架。這三個鏈內二硫鍵能穩定核心區的構象，若二硫鍵斷裂，則過敏毒素的活性明顯減弱。
其次，過敏毒素骨架核心區外N端與C端的螺旋折疊而形成三級結構。圓二色性(CD)檢測表明40~50%的過敏毒素存在a一螺旋。只有當這種螺旋結構存在時，過敏毒素才表現充分的生物活性。大鼠C5a活性較人C5a強得多，主要原因可能是二級結構構象不同所致。
再次，過敏毒素C末端五肽結構。C3aC端五肽恒為LGLAR，C4a為AGLQR，與C3a比較，C3a的76位丙氨酸換成了谷氨酸胺，這可能是C4a為弱過敏毒素的原因。此五肽末端乃過敏毒素與其受體相結合的部位。
