鉤體病的潛伏期為1～2周，最長可達4周。早期可出現發熱、肌痛(尤其是腓腸肌疼痛和壓痛)、全身乏力、眼結膜充血及淋巴結腫大，具有特征性的“三癥狀”、“三體征”的感染中毒表現。患者常于病程3～10天出現器官損害癥狀，按不同的臨床表現可分為流感傷寒型、肺出血型、黃疸出血型、腎功能衰竭型及腦膜腦炎型等。其中肺出血型又可分為普通肺出血型和肺彌漫性出血型，后者病情兇險，病死率高。
鉤端螺旋體病的腎損害的可伴隨流感傷寒型、黃疸出血型鉤體病發生，若單獨出現，即為腎功能衰竭型。臨床表現主要以少尿、蛋白尿、尿中有少量白細胞、紅細胞、管型等。少數嚴重患者病情呈進行性加重，出現無尿、酸中毒、腎功能衰竭、尿毒癥。鉤體病相關腎病一般預后較好，多數病人通過少尿期、多尿期而恢復。
近年來有人將鉤體病的表現，分為兩相病程，
1.“鉤體血癥”相 高熱、結膜充血、肌痛和頭痛，然后可出現肝炎、腎炎及出血。
2.“免疫”相 初期發熱等癥狀逐漸消失，中樞與外周神經系統的癥狀出現。