阿米巴病的潛伏期2天至26天不等，以2周多見。起病突然或隱匿，可呈暴發性或遷延性，可分成腸阿米巴病、腸外阿米巴病。
腸阿米巴病（intestine amoebiasis） 包括無癥狀帶包囊者和阿米巴病性結腸炎。無癥狀攜帶者增多，甚至在流行區也有這種趨勢。無癥狀帶包囊者往往在數月后自愈。在無癥狀者中90%為迪斯帕內阿米巴感染。但是有極少數感染有溶組織內阿米巴而無癥狀。他們可以排出包囊，成為嚴峻的公共衛生問題。有報告記載，這些攜有溶組織內阿米巴包囊的感染者往往在一年內出現腸炎性癥狀。
阿米巴性結腸炎（amoebic colitis） 其臨床過程可分急性或慢性。急性阿米巴病的臨床癥狀從輕度、間歇性腹瀉到暴發性、致死性的痢疾不等。典型的阿米巴痢疾常有稀便，伴奇臭和帶血，亦有局限性腹痛、不適、胃腸脹氣、里急后重、厭食、惡心嘔吐等。急性暴發性痢疾，則是嚴重和致命性的腸阿米巴病，常為兒科的疾病。從急性型可突然發展成急性暴發型。病人有大量的粘液血便、發燒、低血壓、廣泛性腹痛、強烈而持續的里急后重、惡心嘔吐和腹水。60%病人可發展成腸穿孔，亦可發展成腸外阿米巴病。慢性阿米巴病則為長期有間歇性腹瀉、腹痛、胃腸脹氣和體重下降，可持續一年以上，甚至5年之久。亦有些病人出現阿米巴腫（amebama）或團塊狀損害而無癥狀。在腸鋇餐透視時酷似腫瘤，病理活檢或血清阿米巴抗體陽性可鑒別診斷。
阿米巴性結腸炎最嚴重的并發癥是腸穿孔和繼發性細菌性腹膜炎，呈急性或亞急性過程。極少數患者因不適當應用腎上腺皮質激素治療而并發中毒性巨結腸。
腸外阿米巴病（Extraintestinal amebisis） 以阿米巴性肝膿腫（amebic liver abscess）最常見。全部腸阿米巴病例的10%患者伴發肝膿腫。肝膿腫播散主要是滋養體侵入門靜脈系統，由于有抵抗補體的溶解作用，可到達肝臟溶解炎癥細胞和肝細胞，使膿腫迅速擴大，充滿壞死物、組織碎片，滋養體主要在膿腫邊緣。多見于年輕患者，累及肝右葉居多。臨床癥狀有右上腹痛，向右肩放射；發燒、寒戰、盜汗、厭食和體重下降。約10%的患者有最近腹瀉和痢疾史。50%病人可在糞中檢出蟲體，58%肝膿腫病人結腸鏡檢查可見病灶。肝超聲檢查、CT和核磁共振檢查均有助于診斷，若患者無高滴度的抗阿米巴抗體則無病因診斷意義。肝穿刺可見“魚子醬”狀或“巧克力”狀膿液，可檢出滋養體。肝膿腫可破裂入胸腔（10%~20%），破入腹腔（2%~7%），少數情況下破入心包，而肝膿腫破入心包往往是致死性的。
多發性肺阿米巴病，常多發于右下葉，繼發于肝膿腫，主要有胸痛、發燒、咳嗽和咳“巧克力醬”樣的痰。X線檢查可見滲出、實變或膿腫形成、積膿，甚至肺支氣管瘺管。若膿腫破入胸腔或氣管，引流配合藥物治療十分關鍵，但死亡率仍近15~30%。
約1.2~2.5%的病人可出現腦膿腫，而94%腦膿腫患者合并有肝膿腫，往往是在中樞皮質的單一膿腫。臨床癥狀有頭痛、嘔吐、眩暈、精神異常等。45%病人可發展成腦膜腦炎。
皮膚阿米巴病常由直腸病灶播散到會陰部引起的，亦發生在胸腹部瘺管周圍。會陰部損害則會散布到陰莖、陰道甚至子宮。