1、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎早期診斷和及時治療，對提高治愈率和降低病死率極為重要。一旦確診，應立即停用原抗生素。
2、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎的支持療法：注意休息。輸液糾正水電解質紊亂。糾正低蛋白血癥。近年來，發現對外霉素所致的水瀉，可通過口服葡萄糖鹽水來補充氯化鈉的丟失，同時糾正酸中毒。
3.扶植腸道正常菌群抑制難辨梭狀芽胞桿菌生長：通常用正常人糞便5～10g，用200ml生理鹽水混勻，過濾后保留灌腸，每日1～2次，連續3～5天。亦可用含乳酸桿菌的牛乳灌腸或口服維生素C與維生素B族、葉酸、乳酶生、谷氨酸等。
4、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎的藥物治療：萬古霉素和不吸收的磺胺類藥物，能有效的治療和預防實驗的田鼠假膜性腸炎和人類的假膜性腸炎，可使糞中難辨梭狀芽胞及其霉素迅速消失。因此，萬古霉素列為首選抗菌藥物。口服每次250～500mg，每日4次。磺胺類藥物如SG和PST，口服，每次1g，每日4支。。滅滴靈也能有效地治療假膜性腸炎，成人劑量每日1.5g，10～15日為1療程。滅滴靈雖然在上消化道迅速被吸收，但口服后仍能有效地對抗難辨梭狀芽胞桿菌，在臨床上有使用價值。
近來有學者采用氣性壞疽梭狀芽胞桿菌多價抗霉素治療難辨梭狀芽胞感染，取得了較好的效果。方法：用50000U加入5%葡萄糖鹽水500ml中靜滴，1日2次。另外，還有采用高壓氧治療本病。
5、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎的其他治療方法：試用解痙劑。個別報告對重癥患者試用激素，必要時可應用腎上腺皮質激素。有的主張試用消膽胺。在腸道內發揮離子交換作用與梭狀芽胞桿菌結合后排出，并可促進回腸末端對膽鹽的吸收，以改善腹瀉。口服4g，每6小時1次，連服5天。如有頑固性腹瀉伴有低蛋白血癥和電解質紊亂或出現中毒性結腸擴張，必要時進行手術減壓，并行橫結腸造口術。忌用止瀉劑，以免誘發中毒性結腸擴張。對手術后嚴重營養不良者，可給予靜脈高營養滴注治療。
6、難辨梭狀芽胞桿菌腸炎的中醫中藥治療。