Wegener肉芽腫病眼部表現較多，包括鞏膜炎、角膜炎、缺血性視神經病變、視網膜血管阻塞、全葡萄膜炎等，嚴重者還有眼眶炎性假瘤、眶蜂窩織炎等表現，多為雙眼先后發病，伴有眼部疼痛。
壞死性鞏膜炎和邊緣性角膜潰瘍是Wegener肉芽腫最嚴重的眼部表現，常引起眼球穿孔，許多本癥的角膜損害在開始很難與Mooren潰瘍（慢性匐行性角膜潰瘍）相區別，特別是Mooren潰瘍（惡性型）就更難區別。一般來說后者的角膜潰瘍為主要的發病過程，而Wegener肉芽腫則以鞏膜的炎癥為主。大約10%的WG患者雙眼視力喪失，其原因有嚴重角、鞏膜炎癥致眼球穿孔，全鞏膜炎致的葡萄膜炎，視網膜炎，新生性青光眼等，還有呼吸道肉芽腫侵入眶內等一系列病理損壞所致。
由于自身免疫導致的實質性組織損傷和廣泛的小血管炎，可以導致腎小球的嚴重損害，故早期可檢查尿中有紅細胞，后期有腎功能異常。由于全身的抵抗力減低，再加上全身應用免疫抑制劑，肺部易繼發其他感染，而被誤認為肺炎或肺結核。鼻部的軟骨破壞，可以形成鼻梁塌陷和馬鞍鼻。
有報道認為，WG除雙眼角鞏膜緣潰瘍，還合并兩下肺不等斑片狀密度增生陰影，雙肘及膝部皮膚對稱性結節。