近年來，RNAi技術在病毒感染性疾病治療方面的應用已受到極大關注，尤其在AIDS、乙型肝炎和丙型肝炎等治療中的應用研究最為活躍。，在siRNA抗AIDS的研究中，針對HIV結構蛋白基因及長末端重復序列（longterminal repeat，LTR）的SiRNA可以控制病毒復制；針對宿主細胞HIV受體CD4基因的siRNA可有效控制病毒進入宿主細胞，抑制病毒的感染過程。但CD4是人體正常免疫功能不可缺少的分子，它的表達抑制勢必影響正常的免疫功能，由此設想針對CCR5、CCR4等共同受體設計siRNA，并正在試驗中。另外在抗病毒治療中，分別以丙型肝炎病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、脊髓灰質炎病毒等基因組的編碼區或非編碼區為靶點設計的siRNA均取得了令人欣喜的體外抑制作用，但利用動物實驗模型驗證siRNA體內清除病毒的效果需進一步研究。
雖然RNAi有望成為抗病毒治療的有效工具，但病毒株靶基因的高度突變或堿基丟失，如HIV和流感病毒，成為設計siRNA時必須考慮的問題。另外一種稱為病毒抑制子蛋白的發現使研究人員對RNAi的抗病毒效應有了更深的認識，研究發現這種病毒抑制子由病毒基因組編碼產生，最初在植物中發現，有報道別的真核生物中也存在，其與RNA干擾裝置競爭性的結合，通過阻斷siRNA的加工或干擾信號的傳遞等途徑抑制RNA干擾，從而降低其抗病毒的效應。
針對上述影響因素，在RNAi抗病毒的治療應用中，
（1）靶序列的選擇最好是針對病毒的保守序列，以減少病毒變異的影響。
（2）設計針對不同靶序列的多種SiRNA并聯合作用，以減少病毒逃逸的產生。
（3）針對病毒進入細胞或病毒復制相關的宿主基因設計siRNA，如HIV受體CD4、CCR5等，這樣即使病毒高度變異，其逃逸RNA干擾的幾率也會大大降低。
（4）針對病毒抑制子設計siRNA，可在一定程度上減少或避免病毒抑制子的產生，并且隨著對RNA干擾的深入研究，將會有越來越多的相關報道。綜上所述，RNAi在抗病毒治療應用方面雖取得很大的突破，但其應用于臨床還有待更深的研究。