要正確地選擇色譜分離方法，首先必須盡可能多的 了解樣品的有關性質，其次必須熟悉各種色譜方法的主要特點及其應用范圍。選擇色譜分離方法的主要根據是樣品的相對分子質量的大小，在水中和有機溶劑中的溶解度，極性和穩定程度以及化學結構等物理、化學性質。
1、相對分子質量
對于相對分子質量較低（一般在200以下），揮發性比較好，加熱又不易分解的樣品，可以選擇氣相色譜法進行分析。相對分子質量在200 ~ 2000的化合物，可用液固吸附、液-液分配和離子交換色譜法。相對分子質量高于2000，則可用空間排阻色譜法。
2、溶解度
水溶性樣品最好用離子交換色譜法和液液分配色譜法；微溶于水，但在酸或堿存在下能很好電離的化合物，也可用離子交換色譜法；油溶性樣品或相對非極性的混合物，可用液-固色譜法。
3、化學結構
若樣品中包含離子型或可離子化的化合物，或者能與離子型化合物相互作用的化合物（例如配位體及有機螯合劑），可首先考慮用離子交換色譜，但空間排阻和液液分配色譜也都能順利地應用于離子化合物；異構體的分離可用液固色譜法；具有不同官能團的化合物、同系物可用液液分配色譜法；對于高分子聚合物，可用空間排阻色譜法。