毛細管電泳通常使用內徑為25-100 μm 的彈性（聚酰亞胺）涂層熔融石英管。標準毛細管的外徑為375 μm，有些管的外徑為160 μm。
毛細管的特點是：容積小（一根100 cm×75 μm 管子的容積僅4.4 μL）；側面/截面積比大，因而散熱快、可承受高電場（100-1000 V/cm）；可使用自由溶液、凝膠等為支持介質；在溶液介質下能產生平面形狀的電滲流。
