毛細管區帶電泳色譜儀是利用溶質分子在毛細管內的背景電解質溶液中以不同速度遷移而形成一個個獨立的溶質帶而達到分離，毛細管等電聚焦電泳色譜儀是利用不同等電點的溶質分子分別聚集在毛細管內不同的位置上不作遷移而達到分離。兩者比較如下：
一、分離原理：
1、毛細管區帶電泳色譜儀：電泳淌度不同
2、毛細管等電聚焦電泳色譜儀：等電點不同
二、電解質：
1、毛細管區帶電泳色譜儀：緩沖溶液
2、毛細管等電聚焦電泳色譜儀：載體兩性電解質
三、區帶寬度：
1、毛細管區帶電泳色譜儀：隨時間變寬
2、毛細管等電聚焦電泳色譜儀：隨時間變窄
四、區帶濃度：
1、毛細管區帶電泳色譜儀：被稀釋
2、毛細管等電聚焦電泳色譜儀：被濃縮
五、進樣方法：
1、毛細管區帶電泳色譜儀：塞狀進樣
2、毛細管等電聚焦電泳色譜儀：混合在支持電解質中