毛細管電泳儀CE具有多種分離模式(多種分離介質和原理)，故具有多種功能，因此其應用十分廣泛，通常能配成溶液或懸浮溶液的樣品(除揮發性和不溶物外)均能用毛細管電泳儀CE進行分離和分析，小到無機離子，大到生物大分子和超分子，甚至整個細胞都可進行分離檢測。毛細管電泳儀應用于生命科學、醫藥科學、臨床醫學、分子生物學、法庭與偵破鑒定、化學、環境、海關、農學、生產過程監控、產品質檢以及單細胞和單分子分析等領域。
