優點：操作簡單，試樣量少，分離效率高，成本低等。
分離能力強，分離速度快，進樣量小。
像高效液相色譜，能夠分離不帶電荷的物質。
像毛細管電泳法，不需要壓力泵系統的情況下，提供了微量體積試樣溶液的高效分離通過電滲流泵，而不是通過機械輸送流動相通過固定相的。
明顯地簡化了輸送體系。
電滲泵產生的是塞子式流動輪廓，而不是流體動力學輪廓，因此毛細管電色譜的分離柱效比高效液相色 譜法高。
缺點：在遷移時間上的重現性，進樣的準確性和檢測靈敏度方面比高效液相色譜法稍遜。
