毛細管電泳(CE)也是一種新發展起來的分析黃曲霉素的方法。該方法與激光減弱熒光檢測器(LIF)連用可很好地提高靈敏度。
用毛細管電泳一激光減弱熒光檢測器測定AFB1、AFB2、AFG1和AFG1,取得了較為理想的分離效果,其中對AFB2的測定最為靈敏。但CE法的成本較高,操作復雜,不適宜在試樣檢測中廣泛應用。