毛細管電泳色譜儀簡稱毛細管電泳儀（CE），是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用帶電粒子之間的淌度差異和分配系數差異進行分離，是分析科學繼液相色譜儀之后的又一重大進展。CE是當今分析化學和生物醫藥學公認的前沿，也必將被臨床醫學實驗室所接受，不僅能用于常規項目的分析，還可用于特殊項目的檢驗。
一、血清蛋白質分析：
CE可分離血清蛋白，能準確計算各蛋白質的相對濃度，避免了凝膠電泳的染色和脫色過程中多種影響因素造成的誤差，結果重復性好，可信度高，便于貯存和檢索。
二、血紅蛋白成分分析：
用毛細管等電聚焦電泳和毛細管區帶電泳可分離十幾種Hb變異鏈。
三、脂蛋白分析：
CE可將血漿脂蛋白分離為14個亞組分。若在緩沖液中加入表面活性劑，可在短時間內對高密度脂蛋白和低密度脂蛋白兩個主要組分進行定量，可將低密度脂蛋白進一步分離為低密度脂蛋白、中密度脂蛋白和極低密度脂蛋白三個亞組分，并對各組分的比例進行推算，從而對脂蛋白異常提供不同脂肪代謝的信息。
四、糖化血紅蛋白分析：
CE可分離幾種糖蛋白的糖基構型，鑒別糖化血紅蛋白A1、Alc和其它異構體，對糖尿病的監控具有重要意義。
五、免疫復合物分析：
CE可將免疫復合物從結合的抗原抗體中迅速分離出來。
六、DNA片段和染色體分析：
CE分離DNA分子需將多聚物交聯劑（如聚丙酰稀胺、聚乙二醇和甲基纖維素等）添加到緩沖液中作為分子篩，可對窄范圍DNA進行分離。目前CE分離DNA片段尚有許多技術需要完善，其中最為突出的問題是選擇合適的交聯劑，提高現有方法的分辨率。
七、在治療藥物監測中的應用：
CE可簡便快速分析生物樣品中各種形式的藥物成分，在藥理學研究和法醫學檢查等方面也有廣泛應用。