毛細管電泳色譜儀是以毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，利用荷電粒子之間的淌度差異和分配系數差異進行分離，是分析科學繼液相色譜儀之后的又一重大進展，使分析科學從微升級進入到納升級水平，應用十分廣泛。
一、在蛋白質和多肽分析中的應用：
1、肽、蛋白質和糖蛋白的鑒別。
2、結構分析。
3、純度檢測。
4、非均一性和多樣性研究。
5、穩定性研究。
6、結合和動力學研究。
7、定量測定。
8、等電點測定。
9、蛋白質和多肽的質量控制。
10、微量制備。
二、在糖類和糖蛋白中的應用：
1、多糖譜圖測定。
2、水化合物的分離和測定。
3、蛋白質分析。
4、構體分析。
5、糖脂分析。
三、在核酸和核苷酸分析中的應用：
1、核酸和基因疫苗的質量控制。
2、堿基、核苷和核苷酸分析。
3、純度檢測、片段收集和微量制備。
4、PCR產物和dsDNA分析。
5、蛋白質與DNA的相互作用研究。
6、基因突變測定。
7、基因表達測定。
8、DNA序列測定。
四、在臨床醫學中的應用：
1、臨床疾病診斷。
2、臨床蛋白分析。
3、基因診斷。
4、病毒檢測。
5、臨床藥物檢測。
6、藥物代謝研究。
7、臨床分子生物學測定。
五、CE－MS聯用技術應用：
1、藥物結構。
2、藥物及其代謝產物分析。
3、蛋白質和多肽結構分析。
4、蛋白質酶解產物測定。
5、核苷酸和DNA結構分析。
六、在其它工業領域中的應用：
1、藥品純度和雜質檢測。
2、石油化工產品雜質檢測。
3、食品中有機酸和礦物質分析。
4、環境污染物分析。
5、金屬陰陽離子和無機離子檢測。
6、煙草中成分檢測。
7、紡織染料檢測。
8、表面活性劑檢測。
七、在其它藥物分析中的應用：
1、主成分定量測定。
2、痕量雜質檢測。
3、中藥材成分和指紋譜圖分析。
4、中藥復方制劑中化學成分測定。
5、藥物計量離子配比測定。
6、藥物代謝產物測定。
7、藥物與蛋白質的相互作用研究。
8、藥廠質控。