一般將毛細管柱分為3種類型：壁涂開管柱(WCOT)、載體涂漬開管柱(SCOT)和多孔層開管柱(PLOT)。PLOT柱主要用于永久氣體和低分子量有機化合物的分離；SCOT柱所用固定液的量大一些，相比較小，故柱容量大一些。
有人估計，一個常規氣相色譜實驗室只要購置3種毛細管柱，就可應付85%以上的氣相色譜（GC）分析任務。這3種柱為非極性OV-1(或SE-30)、弱極性SE-54、中極性OV-17(或OV-1701)柱。如果再加一根極性PEG-20M柱，則可應付95%的GC分析任務。
因此建議毛細管GC實驗室起碼要購置這幾根毛細管柱。值得指出的是，目前很多國產毛細管柱的性能很好，尤其是非極性(OV-1或SE-30)和弱極性(SE-54)固定液的色譜柱已經可以替代進口產品。
OV-1毛細管色譜柱
固定液化學組成：100%聚二甲基聚硅氧烷。
所屬極性：非極性固定相。
適用范圍：胺類、烴類，酚類，殺蟲劑，聚氯聯苯，硫化物，香精,香料等物質。
SE-54/52毛細管色譜柱
固定液化學組成：5%苯基-95%二甲基聚硅氧烷。
所屬極性：非極性固定相，本產品類似于DB-5,BP-5,SBP-5,GC-5,007-2,OV-73,CPSIL-8,RSL-200,HP柱。
適用范圍：碳氫化合物、多核芳烴、酚、酯、藥物胺,生物堿,脂肪酸甲酯,鹵代化合物,芳香化合物,藥品等物質。
OV-1701毛細管色譜柱
固定液化學組成: 7%氰丙基、7%苯基甲基聚硅氧烷。
所屬極性：中極性。
適用范圍：藥物、醇、酯、硝基苯類、除莠劑,對照牌號：BP-10、RSL-1701、DB-1701、HP-1701、CPISL-19。
OV-17毛細管色譜柱
固定液化學組成: 50%苯基 50%甲基聚硅氧烷。
所屬極性：中極性。
適用范圍：藥物、農藥,對照牌號：DB-17，HP-17，007-17，SP-2250，RSL-300。
氣相色譜柱選擇
柱長：增加柱長可提高分離效果。但柱過長，使分析時間延長。所以在滿足一定分離度的條件下，應選用盡可能短的色譜柱。填充柱的柱內徑一般為 3~6 mm，毛細管柱的內徑0.1~0.5 mm。
固定液的用量選擇：擔體的表面積較大時，固定液用量可多些，允許的進樣量也相應增加。但從速率方程式的傳質項中可知，為了減小液相的傳質阻力，應使固定液的液膜厚度盡可能薄。但固定液液膜太薄，則允許的進樣量也就越少。因此固定液的用量要根據具體情況決定。
固定液的配比選擇：(指固定液與擔體的質量比)一般為5:100到25:100。擔體的比表面積越大，固定液用量的比例可越高。
擔體的性質和粒度選擇：若擔體的比表面積大，孔徑分布均勻，則固定液易分布均勻，從而可加快傳質過程，提高柱效。故應該選用顆粒小且均勻的擔體，并盡可能填充均勻，以減少渦流擴散，提高柱效。但粒度過小，填充不易均勻，會使柱壓降增大，對操作不利。一般對4~6 mm的柱管，選用60 ~80目或80 ~100目的擔體較為合適。
（1）固定液
非極性：SE30*，OV101，SE54*
中極性：OV17，XE60*，OV1701*
極 性：PEG20M*，FFAP*，DEGS*
（2） 柱內經
0.2~0.25 mm 柱效高、負荷量低、流失小
0.3~0.35 mm 負荷量大于毛細口徑柱60%，柱效低；
0.53~0.6 mm大口徑毛細柱，負荷量近似填充柱，總柱效遠遠超過填充柱，分析速度快；
（3） 柱長
短柱：10~15 m，分離少于10種組分的樣品；
中長柱：20~30m， 分離10~15種組分的樣品；
長柱：50m以上，分離50種組分以上的樣品。
（4） 液膜厚度
薄液膜：0.1~0.2 μm, 低負荷量、高沸點化合物；
標準液膜：0.25~0.33 μm， 一般標準毛細柱分析；
厚液膜：0.5~1 μm， 符合量較大，低沸點樣品；
特厚液膜：1~5 μm， 取代填充柱，分析沸點200℃以下復雜樣品。