毛霉菌病可表現為6種臨床類型。肺部和鼻毛霉菌病是最常見的臨床表現。其他還包括播散型、胃腸道型、皮膚型和腎臟型。
鼻腦毛霉病
多由米根霉引起，可經血源或淋巴源通過鼻孔、鼻竇、延髓后累及腦部引起播散而致。臨床表現為面部疼痛、頭痛、嗜睡可致失明，如侵犯大血管，則引起梗死和壞死。患者常由昏睡發展為昏迷，如得不到及時的治療可在7～10天內死亡。
肺毛霉病
可表現為非特異性肺炎，出現胸痛、呼吸困難、咯血等癥狀，胸部X線及常規細菌學檢查無法診斷。
播散性毛霉病
播散型毛霉菌病的定又是病變侵襲兩處或更多的器官。發病的常見危險因素是粒細胞減少癥。毛霉可廣泛地播散至腎、胃腸道、心、腦等臟器。其中以肺部最常受累，且較難診斷。只有60%的患者有發熱，45%的患者在聽診時發現有干啰音或濕啰音。受累器官的不同有相應的體征，包括肝脾大、昏迷、皮膚損害、神經系統功能喪失、腹部壓痛、黃疸等。心臟受累者可在冠狀動脈內發現毛霉形成的栓塞。
胃腸道毛霉病
小兒胃腸道毛霉菌病罕見，主要發生于惡性腫瘤、營養不良、糖尿病的嬰兒和早產兒。按發病順序排列，最常侵犯的部位是胃、大腸、小腸和食管。可因攝入被真菌孢子污染的食物所致，但營養不良及嚴重的胃腸功能紊亂也是患病因素之一，臨床表現依受累部位及程度而定，可表現為非典型性胃潰瘍、腹瀉、嘔血和黑便等。菌絲亦可從粘膜下直接侵入腸系膜動脈和髂動脈、腹膜、膈和胰腺，出現血源性播散可發生腦、心、肝和脾的播散性病灶。毛霉菌在早產兒可引起壞死性小腸結腸炎。由于病人處于免疫損傷狀態且極難及時作出診斷，病情進展迅速，存活者很少。
皮膚毛霉病
可原發或繼發于燒傷或糖尿病等患者，表現為進行性增大的皮膚壞死性紅色結節，可達數厘米，皮疹周圍可見繞以紅色環狀邊緣的蒼白圈。可有焦痂形成、中心糜爛或潰瘍。病理學檢查可見脂肪組織的局部壞死。早產兒和白血病患兒有數例由霉類所致的壞死性蜂窩織炎的報道。病變開始為皮膚紅斑和皮下組織腫脹。隨著紅斑的擴散，邊緣隆起變硬，中心部位出現壞死并形成潰瘍，而后結痂。常有膿性分泌物排出，直接涂片鏡檢可見菌絲。皮膚毛霉菌病的臨床表現和有關檢查無法與曲霉菌屬引起的皮膚損害鑒別。與其他類型的毛霉菌病相比，皮膚毛霉菌病經外科清創術和靜脈用兩性霉素B療效更佳。
腎臟毛霉菌病
毛霉菌病單純表現腎臟病變的報道罕見。在10例成人的報道中，有5例無原發性誘因，腎臟周周的真菌膿腫直接侵入腎皮質，引起少尿或急性腎功能衰竭并出現類似急性腎盂腎炎的癥狀。存活者為接受腎切除術和應用兩性霉素B治療的患者。