氣相色譜儀的柱溫直接影響色譜柱的使用壽命、柱的選擇性、柱效能和分析速度，是重要的操作條件。
柱溫低有利于分配，有利于組分的分離。
但柱溫過低，組分可能在色譜柱冷凝或傳質阻力增加，使色譜峰擴張，甚至拖尾。
柱溫高，雖有利于傳質，但分配系數變小，不利于分離。
一般通過實驗選擇較佳柱溫，原則是使組分既分離完全，又不使峰形擴張、拖尾。
柱溫一般選各組分沸點平均溫度或稍低些。
當組分的沸點范圍很寬時，用同一柱溫往往造成低沸點組分分離不好；
而高沸點組分峰形扁平，采用程序升溫能使高沸點和低沸點組分都獲得滿意結果。
選擇柱溫時還必須注意，柱溫不能高于固定液較高使用溫度，否則會造成固定液大量揮發流失。
同時，柱溫必須高于固定液的熔點，這樣才能使固定液有效地發揮作用。