氫氣無毒，不像有些燃料，如甲醇、一氧化碳毒性很大。并且氫氣在開放的大氣中，很容易快速逃逸，而不像汽油蒸汽揮發后滯留在空氣中不易疏散（這使得事故發生時它的影響范圍要小得多）。氫氣燃燒不冒煙，只生成水，不會污染環境。
但氫能源的利用也有其不利因素。氫是易燃氣體、著火點能量很小，在空氣中氫的最小著火能量僅為0.019 mJ，在氧氣中的最小著火能量更小，僅為0.007 mJ。氫的另一個危險性是它和空氣混合后的燃燒濃度極限的范圍很寬，按體積比計算其范圍為4％一75％，因此不能因為氫的擴散能力很大而對氫的爆炸危險放松警惕。