通常細分為兩種系統:蛋白水解分析系統(鈉鹽系統)和游離氨基酸分析系統(鋰鹽系統),利用不同濃度和pH值的檸檬酸鈉或檸檬酸鋰進行梯度洗脫。其中鈉鹽系統一次最多分析約25種氨基酸,速度較快,基線平直度好;鋰鹽系統一次最多分析約50種氨基酸,速度較慢,基線一般不如鈉鹽系統好。