培養基不是無菌產品，但有菌落數量控制。
培養基在使用前通過高壓或過濾滅菌。
防止污染應該注意以下事項：
A.從污染的源頭開始
確認工作細胞庫是否被污染：用細菌、真菌及支原體無菌試驗來確認并排除。同時要對無菌試驗培養基的靈敏度進行驗證。
確認毒種工作種子批是否被污染：用細菌、真菌及支原體無菌試驗來確認并排除。同時要對無菌試驗培養基的靈敏度進行驗證。
確認所用培養基及其添加成分（如小牛血清、NaHCO3等）是否被污染：用細菌、真菌及支原體無菌試驗來確認并排除。同時要對無菌試驗培養基的靈敏度進行驗證。實際生產中，可以從配制好的培養液中取少量加入營養瓊脂于恒溫培養箱內培養，48小時即可觀察有無污染。
一些單位在使用血清時候往往不經過過濾除菌處理便直接加入到培養液中，可能帶來污染。
其它：高壓滅菌設備、過濾除菌設備均應進行驗證，確保滅菌和除菌效果；前者應在投產前及其后的每6個月進行驗證，后者應在每次除菌前、后進行驗證工作（至少應在除菌后進行一次）。
另外，應將有毒區與無毒區嚴格分開，并有各自獨立的空氣凈化系統及孵室，有毒區對無毒區應保持相對負壓，防止病毒對培養細胞（尤其是細胞庫）的污染。
B. 從GMP管理、SOP操作方面加強管理力度
每二周（或每周）對無菌操作室及潔凈區域按GMP要求進行檢測
人員的GMP管理和無菌操作強化培訓
C. 一些特殊情況
細菌的大小從0.1-700μm，為防止細小細菌的污染，過濾除菌應盡量采用0.1μm的濾膜或濾芯。
大面積污染時，應對所有設施、用具及操作環境進行徹底消毒。