1.其他細茼性食物中毒 應與金黃色葡萄球菌食物中毒、變形桿菌性食物中毒、副溶血弧菌食物中毒等相鑒別。
(1)金黃色葡萄球菌食物中毒：潛伏期很短，多于進食后2~3h發病，病例暴發非常集中。以淀粉類食物較常見，多無發熱，惡心、嘔吐最為顯著。腹痛腹瀉次之。部分病例可有頭暈、出汗、四肢麻木等癥狀。個別病例出現酸中毒與休克。病程一般為1~2d。預后良好。吐瀉物、食物可培養出病原菌。由于金黃色葡萄球菌普遍存在于自然界中，正常人糞便中也可分離出此菌。因此，單從病人糞便與食物中分離出此菌，不一定有診斷意義。另一方面，金黃色葡萄球菌腸毒素有相當耐熱性，加熱100℃煮沸30min仍未被破壞，而細菌已死亡，食用仍有可能中毒，此時標本培養細菌為陰性。因此，此病的診斷必須慎重，須結合流行病學調查，典型的臨床表現及細菌學檢查結果，并排除其他原因所致的急性胃腸炎而確定之。
(2)變形桿菌性食物中毒：變形桿菌可為食物中毒的條件性致病菌，即在適于此菌繁殖和產生毒素的條件下有致病作用。潛伏期一般較短，多為5~12h，病程2d左右。變形桿菌性食物中毒的臨床表現以急性胃腸炎為主，腹痛、腹瀉較明顯，半數病例伴有發熱、頭痛。診斷主要根據較短的潛伏期與病程，急性胃腸炎癥狀，并從食物與病人糞便中分離出菌型一致的變形桿菌。此病與沙門氏菌屬性食物中毒的主要臨床區別點是：前者腹痛、腹瀉較惡心、嘔吐多見，病程大多不超過2d，預后良好；后者病程多為2～4d，有死亡病例。
莫根變形桿菌的潛伏期稍長19~45h，發病突然，有倦怠、乏力、惡心、腹瀉與劇烈腹痛，排黏液稀便，有時帶血，氣味腥臭。部分病人伴有嘔吐，但無里急后重感。常有不同程度的發熱，可達40℃或以上。少數重癥病人有昏睡、脫水、酸中毒。病程3~4d。診斷須根據：①上述臨床表現；②食物及糞便中檢出莫根變形桿菌；③病人和未發病的同進食者血清與分離菌進行凝集反應，凝集效價明顯增高，而健康對照組血清凝集反應陰性或低度陽性。
(3)副溶血弧菌食物中毒：多發生十沿海居民，主要流行于夏、秋季，病人曾進食污染的海產品、肉禽類腌制品等所引起，潛伏期短，最短3h，最長26h，一般9~20h。主要癥狀為腹痛、腹瀉、發熱、嘔吐等，腹痛較其他急性腸道感染為重，約有1/4患者的糞便呈血水樣或膿血樣.重癥病人有血壓下降甚至休克。病原菌在糞便中消失特別快，多數在第2天即轉為陰性，僅少數持續2~4d。吐瀉物、食物可培養出病原菌。診斷須根據流行病學調查，上述臨床表現及疾病早期從糞便中分離出嗜鹽菌，或患者血清對嗜鹽菌凝集效價增高。
2.化學毒物和生物毒物引起的胃腸炎 化學毒物(砷、汞、有機磷農藥等)和生物毒物(毒簟等)引起的胃腸炎有相應的病史，潛伏期更短，一般無發熱，除胃腸炎癥狀外，還有該種毒物所引起的肝、腎、神經系統的損害，吐瀉物、食物可檢出毒物。
(1)急性砷中毒：急性砷中毒主要表現為惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉，排黃色或灰白色水樣便等急性胃腸炎癥狀。
(2)急性有機磷農藥中毒：急性有機磷農藥中毒一般在有機磷侵入人體后12h以內發病，大量口服時能在20min左右發病。發病初期先出現乏力、頭痛、眩暈等非特異癥狀，以后漸次出現多汗、流涎、惡心、嘔吐、腹瀉、縮瞳、視力模糊等癥狀。瞳孔縮小至針頭大，呼氣及排泄物有大蒜臭味，血清膽鹼酯酶活性下降。
(3)毒蕈中毒：毒草種類很多，有些外觀上與無毒者相似。中毒多發生于夏、秋季。癥狀最早可于食蕈后數分鐘出現，最遲的達18h。其主要表現是急性胃腸炎、中毒性肝炎與中樞神經損害的癥狀。早期出現大汗、流涎、流淚、瞳孔縮不等迷走神經興奮癥狀。胃腸癥狀表現為惡心、嘔吐、腹痛與腹瀉。重癥病例發生嘔血、便血、黃疸、紫癜、譫妄、抽搐與昏迷，預后多不良。
3.細菌性痢疾 發病多在夏、秋季，往往形成大、小流行，潛伏期多為1~2d，長可達7d。常有全身中毒癥狀如：畏寒、發熱和全身不適。排便每天十余次至數十次，大便量少，為膿血、黏液性，里急后重明顯。重癥者有惡心、嘔吐與脫水。左下腹常有壓痛。糞便鏡檢可見大量紅、白細胞與巨噬細胞。確診需糞便培養出痢疾桿菌。
4.霍亂 有流行病學線索可尋。潛伏期一般為2~3d，也可短至數小時或長達6d之久。發病急驟，嘔吐與腹瀉均劇烈。典型者先瀉后吐，腹瀉初排出為黃色稀便，繼而成為典型的米泔水樣，呈無糞質的灰白色渾濁液體，排便量多，脫水顯著，不伴有發熱、腹痛與里急后重感。嘔吐常為噴射性，反復不止，初為胃內容，爾后也呈米泔水樣。由于劇烈的瀉吐，病人呈嚴重的脫水狀態，體溫下降，四肢厥冷，皮膚起皺紋，肌肉痙攣，尤以腓腸肌與腹肌為明顯。病人漸出現血壓下降，脈搏微弱，重癥者如不及時救治往往死亡。吐瀉物可發現病原菌。
(二)傷寒型的鑒別診斷
應與傷寒及副傷寒相鑒別，傷寒、副傷寒發熱時間較長，病情較重。典型傷寒呈表情淡漠，有攻瑰疹、相對緩脈、肝脾腫大，可發生腸穿孔、腸出血等并發癥，血清肥達反應陽性。而沙門菌感染則罕見或缺如。血、大小便培養可獲得病原菌。
(三)敗血癥型的鑒別診斷
應與其他細菌所致的敗血癥相鑒別，可能找到原發性感染病灶，白細胞總數及中性粒細胞數大多增高，血培養可分離出致病菌。
(四)局部化膿型的鑒別診斷
需與其他細菌所致的局部化膿性感染相鑒別，臨床上較難區別，需通過局部病灶膿液培養致病菌以資鑒別。