無論何種類型的幽門閉鎖與狹窄均應手術治療，盲端型閉鎖應行胃十二指腸端端或端側吻合術，符合生理解剖效果良好幽門或幽門竇部瓣膜閉鎖或狹窄者，應行瓣膜切除幽門成形術，術中將多孔胃腸減壓管送到十二指腸段，在新生兒期由于幽門管腔細小瓣膜有水腫肥厚不易切除瓣膜者，可僅行瓣膜切開幽門成形術，也能獲得良好效果。
保守治療僅適用于經X線檢查或內鏡檢查證實有幽門瓣膜狹窄，而無明顯梗阻癥狀者。
手術治療切除隔膜，如切除隔膜部水腫有梗阻癥狀，則需做胃腸吻合術，手術前后注意營養支持，糾正脫水、低氯性堿中毒，持續嘔吐者需胃腸減壓。