本病病死率極高,病程很短,一般在一周內死亡,預后極差。早期診斷與及時治療十分必要。目前尚無肯定有效藥物。靜脈滴注與鞘內注射高劑量的兩性霉素B和咪康唑聯合使用可能有效。在治療過程中應檢測血清肌酸酐及尿素氮,防止出現腎損害。口服利福平或靜脈滴注磺胺異惡唑可增加療效。一般抗阿米巴藥物無效。