治療SOD患者的目的是降低SOD引起的膽汁和（或）胰液流出的阻力。SOD的治療方法正在改進。以前大多強調療效肯定的治療是外科手術，即括約肌成形術或經內鏡括約肌切開術。此法適用于嚴重梗阻的患者。在梗阻程度較輕的患者，臨床醫生在推薦應用侵入性的操作前，必須全面衡量侵入性操作的危險和益處。SOD患者經內鏡括約肌切開術的并發癥發生率至少是膽道結石患者行內鏡括約肌切開術的兩倍。
1.藥物治療
有關藥物治療確診或疑診SOD的研究不多。因為SO是平滑肌結構，所以可以合理假設松弛平滑肌的藥物對SOD的治療有效。舌下含服硝苯地平和硝酸鹽類藥物能降低SO基礎壓力。
2.外科治療
外科手術是SOD的傳統治療。最常用的外科手術方式是，經十二指腸的膽道括約肌成形術及經壺腹隔膜成形術。
3.內鏡治療
（1）經內鏡括約肌切開術目前，經內鏡括約肌切開術是SOD患者的標準治療。
（2）氣囊擴張和支架胃腸道狹窄的氣囊擴張已很常見。
（3）肉毒桿菌毒素注射神經末梢釋放的乙酰膽堿的強抑制藥肉毒桿菌毒素，已被成功地用于胃腸道平滑肌紊亂治療，如失弛緩癥。