目前對于巨細胞病毒感染還沒有根治方法，用于治療的藥物只能緩解癥狀，但不能徹底清除病毒。治療效果較好的藥物有更昔洛韋、膦甲酸鈉，其他抗病毒藥物如阿糖腺苷、阿昔洛韋、干擾素等對本病均無效，但由于更昔洛韋副作用大，所以除非病情嚴重，否則不要用藥，而且也沒證據顯示藥物可以預防嬰兒先天性巨細胞病毒感染。
1.藥物治療
（1）更昔洛韋：更昔洛韋治療巨細胞病毒，雖然在治療1～4周后，血和尿培養轉為陰性，但停止用藥2～5周后，所有病人臨床癥狀復現，病毒學檢查又轉陽性，故必須長期用藥。但常因發生白細胞減少而不得不終止治療。
（2）膦甲酸鈉：能抑制皰疹病毒的DNA聚合酶。
（3）最近有試驗發現，如果孕婦的羊水中含有巨細胞病毒，使用免疫蛋白對減少先天性巨細胞病毒感染效果顯著。而在孕期21周前患有先天性巨細胞病毒的孕婦，每月注射一定劑量的免疫蛋白也可以減少嬰兒的先天性巨細胞病毒感染。
2.對妊娠處理
（1）于妊娠早期確診孕婦患巨細胞病毒感染，或立即行人工流產終止妊娠，或等待至妊娠20周時抽取羊水或臍靜脈血檢查特異性IgM。若為陽性應中斷妊娠進行引產，以免出生先天缺陷兒。
（2）于妊娠晚期感染巨細胞病毒或從宮頸管分離出病毒，無需特殊處理，妊娠足月臨產后，可經陰道分娩，因胎兒可能已在宮內感染巨細胞病毒。由于新生兒尿液中可能有巨細胞病毒，故應使用一次性尿布，或用過的尿布做消毒處理。
（3）乳汁中檢測出巨細胞病毒的產婦，應停止哺乳，改用人工喂養為宜。
（4）抗病毒藥物對巨細胞病毒感染孕婦并無實際應用價值，阿糖胞苷和阿糖腺苷靜脈滴注可能有效。大劑量干擾素能抑制病毒血癥，使病情見好轉。