1.病因治療
針對病因進行處理，多能治愈便血。如新生兒出血癥，一般僅用維生素K1治療既有顯著療效。腸道感染性疾病使用有效藥物后便血常迅速消失。全身感染性疾病所致便血，應在綜合療法的基礎上治療。
2.對癥治療
（1）一般處理活動性出血者應絕對臥床休息，使用鎮靜劑。嚴密觀察和記錄患兒的神志、脈搏、血壓和尿量。保持呼吸道通暢，防止嘔血引起窒息。
（2）輸血對出血量大者，應積極補充血容量，無條件立即輸血者，可先輸入右旋糖酐、5%葡萄糖生理鹽水或復方氯化鈉液。
（3）止血根據出血性質不同選擇止血劑，如安絡血、酚磺乙胺、6-氨基已酸、對羧基芐胺等。對上消化道出血可用去甲腎上腺素4～8mg加于150～250ml生理鹽水中分次口服或胃管內滴注對局部黏膜血管有收縮作用。西咪替丁和奧美拉唑對胃、十二指腸急性黏膜病變及潰瘍出血有良好止血效果。
3.外科治療
直腸息肉大多可在結腸鏡檢下行息肉切除。結腸和小腸多發性息肉，長期大量便血時，可剖腹探查，切除息肉較集中的腸段，以止血和防止惡變。腸套疊如空氣或鋇灌腸不能復位或時間超過48小時應手術治療。回腸遠端憩室和腸重復畸形伴出血可行局部腸切除。