1.抗生素治療
重點在預防和治療感染。CGD患兒一旦發生感染需要進一步強有力的抗感染治療，包括查找致病菌和藥物敏感試驗，應立即用廣譜抗生素。CGD患者長期預防性應用復方新諾明可減少細菌感染的發生率且不增加真菌感染的發生率。預防性應用伊曲康唑可減少曲霉菌感染。
2.干擾素治療
人重組干擾素-γ可增加NADPH氧化酶活性，明顯降低感染發生頻率和嚴重程度。
3.白細胞輸入和輸血治療
輸血可糾正持續重癥感染導致的貧血。輸注白細胞可用于控制危及生命的感染，有報道稱輸注白細胞與干擾素聯合使用，成功治愈CGD患兒并發的多發性肝膿腫。
4.基因治療和骨髓移植
患兒的造血干細胞轉染反轉錄病毒包裝的野生靶基因，可在體外分化為成熟的中性粒細胞和單核細胞，其NADPH氧化酶活性得到糾正。干細胞成功移植后可提高患兒循環NBT陽性細胞，改善患兒的臨床癥狀。
5.阻塞性病變的治療
抗生素和口服激素治療可緩解胃腸道阻塞和泌尿道阻塞癥狀，外科手術可用于治療CGD患兒的阻塞性病變，但術后并發癥較為常見。柳氮磺吡啶可用于治療胃幽門阻塞。