原發性抗磷脂綜合征的治療主要是對癥處理、防止血栓和流產再發生。
抗凝治療主要應用于APL陽性伴有血栓患者。對無癥狀的抗體陽性患者不宜進行抗凝治療。常用的抗凝藥物：肝素及低分子量肝素、華法林、抗血小板藥、羥基氯喹等。在慢性期以口服抗凝治療為主，長期抗凝治療會降低血栓的復發率，但亦會增加出血機會，應特別注意。抗凝治療應監測INR，對動脈血栓應控制在2.5～3.0，靜脈血栓則宜在2.0～3.0。一般認為對經良好抗凝治療仍有血栓發生的患者，可試用羥基氯喹。
對血小板>50×109的輕度血小板減少而不合并血栓的病人，可以觀察；對有血栓而血小板<100×109病人要謹慎抗凝治療；血小板<5×109禁止抗凝，可以用強的松1～2mg/kg/d，大劑量靜脈丙球注射，400mg/kg，待血小板上升后抗凝治療。
惡性抗磷脂抗體綜合征一般主張抗凝并同時使用較大劑量激素，必要時聯合使用血漿置換和靜脈注射免疫球蛋白。
美國血液學會建議APS患者的靜脈血栓的治療如下：
①確定基礎PT時間是否正常。
②對初發患者口服抗凝治療目標國際標準化比率（INR）為2.0～3.0至少持續治療12個月。
③治療其他高凝因素，如葉酸治療高同型半胱氨酸血癥。
④對于復發患者采用更高INR3.0～4.0，或替代抗凝治療如低分子量肝素或免疫抑制。
APS患者的動脈血栓的治療：
①確定基礎PT時間是否正常。
②對初發患者口服抗凝治療目標INR為2.5～3.5，至少持續治療12個月。
③治療其他的高凝因素，如高膽固醇血癥和高血壓。
④復發患者，采用INR3.0以上，抗血小板治療、替代抗凝藥物如低分子量肝素或免疫抑制。