治療原則：針對病因治療，糾正營養缺乏，使用必要的代謝療法。
1.病因治療
（1）停用不耐受的飲食如乳糖吸收不良者停止進食含乳糖的食物。
（2）補充缺乏的消化酶如乳糖吸收不良者用乳糖酶，胰腺功能不全者用胰酶。
（3）細菌感染所致的慢性腸炎可酌情使用抗生素，另可適當使用微生態制劑，病因除去后，癥狀多數可緩解。
2.營養治療
原則上應用高熱量、高蛋白、低脂肪食物，重癥者往往厭食，消化吸收功能差，進食的食物和藥物常完整地從糞便中排出，此時可先用腸道外營養，癥狀好轉后可改為要素飲食口服，即應用易消化或已半消化的食物，少量多餐，逐步遞增，循序漸進，目前有不含乳糖的奶粉及水解蛋白要素飲食。
（1）先天性葡萄糖、半乳糖吸收不良可給不含糖的豆奶，另加5%左右果糖喂養，2～3歲后患兒吸收功能常有所恢復，可耐受小量淀粉及乳糖，但含淀粉及乳糖的食物可加至什么程度，需醫生與家屬共同作出努力。
（2）蔗糖-異麥芽糖吸收不良自幼即須限食蔗糖即可不引起癥狀，如奶制品中不加蔗糖，可用葡萄糖代替，也忌服含糖漿的藥物。一般無需限制淀粉，因淀粉中含1,6糖苷鍵的支鏈寡糖的成分很少。隨著兒童成長可漸放松對蔗糖的嚴格限制，但需反復試驗。
（3）先天性乳糖酶缺乏患兒禁食乳糖，包括各種乳類及含乳的食品。嬰兒可用不含乳糖的奶粉、豆奶粉或代乳粉喂養，也可購買豆漿+葡萄糖5～10g，按牛奶需要量計算喂養。也可自制豆漿。
（4）繼發性雙糖酶缺乏多數患兒只需暫時限食乳糖或給低乳糖奶，如發酵奶或低乳糖奶粉，有的則需同時限制蔗糖。
（5）繼發性單糖吸收不良較少見，需在飲食中去除所有糖，病程中維持足夠熱卡有困難，代謝性酸中毒不易控制，此時常需由靜脈暫時補充一定熱卡，待患者恢復，可逐漸恢復正常飲食。
3.對癥治療
糖吸收不良所引起的脫水、電解質紊亂應首先由靜脈予以糾正。