心肌炎的治療通常為輔助支持療法，尤其是病毒性心肌炎(自限性疾病)，主要是針對本病的臨床表現進行相關處理。
體力活動
急性心肌炎患者應避免乏氧運動。柯薩奇B3病毒性心肌炎鼠模型顯示，持續高強度鍛煉增加死亡率，并抑制T淋巴細胞活性。心肌炎是年輕運動員猝死的原因之一，2005年貝塞斯達第36次會議指出，疑診心肌炎的運動員需停止各種競技性運動6個月以上。左室結構、功能恢復正常，且無心律失常時可參加訓練及比賽。對心肌炎合并穩定性心力衰竭患者，建議參加適當體育鍛煉。
心力衰竭的治療
可分為藥物及(或)機械輔助治療兩方面。根據現行心衰藥物治療方案，需依據NYHA功能分級應選用以下藥物：β受體阻斷劑、利尿劑、ACEI、ARB等。對于部分患者而言即使采用最佳的藥物治療但是病情仍繼續惡化的，選用機械循環輔助支持或體外循環膜氧合器(extracorporeal membrane oxygenation，ECMO)治療為患者康復或心臟移植提供橋梁。即使患者起病急驟或伴有嚴重的臨床表現時，經積極規范治療，仍有良好的預后，其生存率可達60%~80%且心功能能恢復正常。
心律失常的治療
心律失常的治療包括病因治療、藥物治療及非藥物治療三方面。對于無自覺癥狀且室性心律失常發生次數不多時，應積極治療心肌炎，可暫且不使用抗心律失常藥物。依據ACC/AHA及ESC于2006年頒布的指南，應對有癥狀的或持續發生的心律失常予以治療。有癥狀的或持續發生的室性心律失常應積極治療，必要時使用胺碘酮。心肌炎患者出現嚴重房室傳導阻滯時可選用糖皮質激素、異丙基腎上腺素提高心室率，若阿斯綜合征發生，則需植入起搏器，幫助患者度過急性期。2013年ESC建議急性期不考慮植入埋藏式心臟轉復除顫器(ICD)，而對于急性期過后的心律失常治療遵循ESC指南。
免疫調節劑的應用
靜脈注射免疫球蛋白(intravenous immunoglobulin，IVIG)可直接清除病毒，中和抗體，減輕心肌的炎性反應，抑制病毒感染后免疫損傷等作用，但在研究中，對于新發的擴張型心肌病及心肌炎成人患者，IVIG的應用未發現有益處。對兒童患者治療的研究顯示，大劑量的免疫球蛋白應用可以使左室功能恢復并提高生存率。
免疫抑制劑的應用
心肌炎治療中免疫抑制劑的使用仍存在較大的爭議。不主張常規使用免疫抑制劑。近年來文獻與研究顯示，對重癥患者合并心源性休克、致死性心律失常(三度房室傳導阻滯、室性心動過速)或心肌活檢證實為慢性自身免疫性心肌炎性反應者，應足量、早期應用糖皮質激素。糖皮質激素有較多的不良反應，應該短療程應用，對于輕癥病例，不宜使用。
免疫吸附療法
免疫吸附療法的目的是吸附血液中的炎癥因子及清除抗多種心肌細胞蛋白的抗心肌抗體。有證據顯示免疫吸附療法治療既能改善心功能，又能減少心肌炎性病變。該療法仍在多中心前瞻性隨機試驗觀察中。
抗病毒治療
心肌炎病因中常見的是病毒感染，但大多數心肌炎患者診斷時據前期感染數周，因而在實施階段的有效性有待進一步研究。對于小鼠模型及少部分患者的抗病毒治療效果可見，抗病毒治療(病毒唑或干擾素)可防止心肌炎轉為心肌病，減輕疾病的嚴重程度及降低病死率。對于慢性擴張型心肌病伴有病毒感染的患者，干擾素的應用可抑制病毒，輔助、調節免疫功能并改善左室收縮功能。
其他護心治療
心肌炎患兒應給予低脂低鹽飲食、限制體力活動以降低心臟負擔，尤其是急性心肌炎及暴發性心肌炎急性期時應臥床休息或限制體力活動至少6個月直至左室收縮功能恢復正常、心腔大小正常及無心律失常。同時給予磷酸肌酸鈉、1，6二磷酸果糖(FDP)、輔酶Q10、維生素C等保護心肌細胞。