急性腸系膜缺血病人的早期診斷較為困難，當明確診斷時，缺血時間已長，腸已有壞死，同時病人多有較嚴重的心臟病．給治療帶來更多的風險。雖然，當代多主張采用積極的放射介入或手術治療，但總的效果仍不佳。
在對病人一般情況及心臟情況予以診斷及處理后，即進行選擇性動脈造影，如發現有栓塞及血管痙攣時，可經動脈導管灌注罌粟堿，也可灌注溶栓劑如尿擻酶、鏈激酶以溶解栓子，有的報告應用經皮血管腔內氣囊成形術或放置內支撐者，但效果都不肯定，僅有少數早期病人經治療后可獲得療效，這些治療方法雖有發展的前景，但當前仍是以手術治療為主，特別是病人已出現腹膜刺激癥狀時則更不宜等待。剖腹探查發現栓塞位于一個分支或主干的遠端，腸管缺直的范圍不大。并已出現壞死現象時，則可進行部分腸切除吻合術。
如動脈主干已栓塞，累及全部小腸及右半結腸，腸菅雖有充血但未肯定已壞死時，應立即將主干游離切開取栓并清除遠端血凝塊。如為血栓形成則需要作血管內膜切除術，清除血栓直至上下段均有血液通暢地流出，動脈切開部以自體靜脈作片狀移植修補。如栓塞段甚長，取栓后仍無血液流出或不暢，則可應用自體大隱靜脈作腹主動脈或動脈與栓塞以下通暢的腸系膜血管之間進行搭橋手術。在進行血管手術前應從靜脈給予肝素以防閉塞部遠端血管有血栓形成。同時在手術時可在腸系膜上動脈主干周圍直接在閉塞部下方的動脈內直接注入血管擴張劑，以解除已存在的血管痙攣。
經探查后，腸系膜上動脈主干阻塞，且累及的腸管已壞死，范圍雖大也只能將壞死腸切除，吻合剩余腸恢復胃腸道的通暢，切除緣必須保證血運良好，以免術后發生瘺。術后按短腸綜合征給予積極治療。
為了解血液恢復后腸的活力，除觀察腸管顏色、蠕動及腸系膜緣動脈搏動外，還可用熒光法探測局部有無血液循環。從周圍靜脈內注射1g熒光素鈉后，于暗室中通過紫外線光觀察腸管，局那如發黃色熒光則有血循環存在，腸管有活力。應用多普勒超聲測定腸系膜血管也是一種常用的方法，其他尚有腸肌的肌電測定，Tc標記白蛋白檢測，腸管表面氧檢測，以及紅外線體積描記圖等，但均需有特殊設備與時間。當不能完全肯定腸是否仍有活力，可將腸管納入腹腔關閉，術后供氧．糾正血漿容量，應用強心劑提高心排出量，從選擇性腸系膜上動脈導管灌注血管活性藥物，以擴張血管增加血流量，并在術后24-36小時再次剖腹觀察腸管情況，當可確定腸管是否存活。再次剖腹應決定于第一次手術結束時而不是在術后再作考慮，術后疼痛、壓痛與腸麻痹將掩蓋腸壞死的表現。因此，當再次剖腹一經決定必需按時實行，以確保及時處理巳壞死的腸管，增加病人的安全性。
急性腸血管栓塞病人術后的監測、治療甚為重要，尿量、中心靜脈壓、肺動脈楔壓。動脈血氣分析，水、電解質等的測定如有異常均需及時加以糾正，預防心力衰竭的發生。手術前后需應用適合的抗生素防治感染。如原已置有動脈導管者可經導管繼續給予抗凝藥與血管擴張劑，并在24小時后造影觀察血管是否通暢。在未放置導管者，術后宜立即給予肝素以防再發生栓子與腸系膜血管術后栓塞。也有作者不贊成用肝素以防腸管出血，而應用低分子右旋糖酐。這類病人術后宜較長時間應用華法林以減少再次發生栓子。