治療的主要目的是在發生腸梗死前恢復腸道正常的血氧供應，縮小組織壞死的范圍。
1.復蘇和初步處理
腸缺血嚴重的患者，特殊診斷和治療前應進行復蘇和穩定病情治療。包括改善心功能、糾正低血壓、低血容量和心律失常，建立大孔徑輸液通路。有心臟疾病的低血壓患者應監測肺動脈壓。排除其他急腹癥后，不論是否行剖腹探查術，均應盡早進行選擇性腸系膜血管造影。
2.一般治療
糾正電解質和酸堿平衡紊亂；放置鼻胃管以降低腸擴張程度和防止腸穿孔；對洋地黃、兒茶酚胺等收縮血管的藥物應予停用；有血液凝固性疾病和房顫的患者需長期抗凝治療。