治療原則為早期治療、規范足量、性伴同治。推薦的治療方案如下：多西環素，口服，每日2次，療程21日；或紅霉素，口服，每日4次，療程21日；或四環素口服，每日4次，療程14～28日；或米諾環素，口服，每日2次，療程21日。上述治療可根據病情適當延長用藥時間。
對急性腹股溝綜合征，波動的淋巴結可用針筒抽去膿液，或切開引流，以防形成腹股溝潰瘍。直腸狹窄初起時可作擴張術，嚴重的直腸狹窄可采用手術治療。手術前后必須完成數月或足夠療程的抗生素治療。
應該對性伴進行檢查和治療。對于可疑病人及性接觸者應及時診療。該病病人的性伴，如果在病人出現癥狀之前60日內與病人有過性接觸，則必須進行尿道、宮頸的衣原體檢查和治療，無把握除外該病者也應給予抗生素預防治療。