1.治療選擇
（1）彌漫型，膽管內腔＜4毫米 無論黃疸是否嚴重，皆宜選用非手術治療方法。有適當條件時，宜行肝移植術，避免無效的手術處理。
（2）局部型、節段型，肝外膽管＞4毫米，黃疸嚴重者 可行手術治療。
（3）膽管完全閉塞或長期梗阻性黃疸，造成肝功能不良而出現腹水、水腫者 可先行非手術治療，效果不顯著時可進行手術探查，但預后不良。
2.藥物治療
（1）免疫抑制藥 皮質激素已被廣泛用于原發性硬化性膽管炎的治療，如潑尼松（強的松），連服數周至數月后療效明顯。皮質激素不僅能抑制炎癥反應，減輕膽管壁纖維化，而且具有直接利膽、減輕黃疸的作用。
（2）抗生素 當患者出現膽管炎，腹痛、發熱等情況時，應加用抗生素治療，但多不主張長期使用。
（3）青霉胺 因促進尿銅的排泄而起治療作用（有研究發現原發性硬化性膽管炎的患者肝內銅水平增高），但其確切療效仍有待進一步證實。
（4）抗纖維化藥物 秋水仙堿具有抗纖維發生、抑制膠原合成的作用，對肝硬化有較好療效，故有人試用于治療原發性硬化性膽管炎。但病例尚少，難以作出結論。
3.手術治療
（1）內引流 適用于局部狹窄者，切除膽總管狹窄段，并做膽總管空腸吻合。
（2）外引流 適用于膽管彌漫狹窄者，應先放置較細的導管，以后每隔3個月更換導管，逐漸增大導管的管徑，導管至少放置1～2年，甚至終身帶管。
（3）原位肝移植 有持續性黃疸合并膽汁性肝硬化，或屬于彌漫型原發性硬化性膽管炎，不能用上述手術方法糾正者，采用肝移植可能有長時間治愈的希望。