對確診為先天性弓形體病，不管有無癥狀，均應給予治療。目前首選乙胺嘧啶和磺胺嘧啶聯合用藥。乙胺嘧啶是二氫葉酸還原酶抑制劑，磺胺嘧啶能競爭二氫葉酸合成酶使二氫葉酸合成減少，兩藥均使蟲體核酸合成障礙而抑制其生長，故兩藥聯用具有協同作用。
乙胺嘧啶、磺胺嘧啶口服聯用療程最短1個月，超過4個月療效較佳。乙胺嘧啶有骨髓抑制作用，故應同時加服葉酸。
螺旋霉素可與弓形體核糖核酸結合抑制tRNA，使蛋白合成障礙，產生抗蟲體作用。螺旋霉素在臟器和胎盤中的濃度高，無致畸作用，具有安全、毒副作用小，且能有效的控制弓形蟲經胎盤播散，目前已廣泛用于妊娠期獲得性急性弓形體病。與螺旋霉素同類的阿奇霉素亦有類似效果。
克林霉素（氯林可霉素）可滲入眼組織中，濃度較高，治療眼弓形蟲病療效較好。