1. 機械性腸梗阻多需外科手術治療，如新生兒因消化道畸形造成機械性腸梗阻，應手術修復畸形。
2. 動力性腸梗阻多行內科保守治療，針對原發病給予治療。一般均采用非手術療法如禁食、胃腸減壓；腎囊封閉可以預防嚴重腹脹。應用新斯的明促進腸蠕動。肛管排氣，小量2%肥皂水或小量3%氯化鈉溶液灌腸等刺激結腸活動，也有助于減輕腹脹。靜脈營養對各類動力性腸梗阻患兒非常重要。
3. 假性腸梗阻
胃腸道運動可以隨營養狀況的好轉而改善，隨著營養不良的發展而惡化。營養支持可使患兒能夠正常發育，減少并發癥，盡可能緩解癥狀。某些患兒需部分或全部胃腸外營養。