新生兒眼炎早期經適當的治療，一般不會發生并發癥，但可見到慢性持續性病例，反復發作可有瘢痕形成，導致視力喪失。衣原體對紅霉素類敏感，在無法排除支原體或軍團菌感染時可選用紅霉素。
1.衣原體結膜炎和肺炎均首選紅霉素，分3次口服，共用14天。口服困難或重癥可靜脈用藥。全身用藥可肅清鼻咽部衣原體，眼淚中的紅霉素也可達有效濃度。
2.衣原體結膜炎可局部用0.1%利福平或0.3%諾氟沙星或10%磺胺醋酰鈉眼藥水滴眼，每日4次，也可用0.5%紅霉素眼膏，共2周。局部用藥不可肅清鼻咽部衣原體。
3.阿奇霉素比紅霉素吸收好，共服3天。