1.臨床沒有明顯癥狀的氨基酸尿者，不需要做特殊治療。
2.僅對癥治療，不能改變預后和氨基酸代謝異常者，如氨基酸代謝異常兒童的抽搐發作必須用抗癲癇藥物治療，但不能改善氨基酸代謝異常。
3.試用飲食療法可控制的氨基酸代謝異常，低蛋白飲食，補充不含代謝蓄積物氨基酸的半合成氨基酸混合奶，楓糖漿尿病、尿素代謝障礙的高氨血癥；限制氨基酸入量，如高賴氨酸血癥等。
4.大劑量維生素治療可以改善癥狀的氨基酸代謝病，這組病患者系由某些輔酶缺乏而致代謝異常，補充維生素可改變代謝過程，如維生素B6依賴癥，大劑量維生素B6用于嬰兒驚厥的治療；大劑量維生素B1用于楓糖漿尿病，維生素B12用于同型胱氨酸血癥等。補充礦物質和微量元素。
5.遺傳性酪氨酸血癥以對癥治療為主，低酪氨酸和低苯丙氨酸飲食可使生長發育恢復正常，迅速改善癥狀，但治療必須早期開始。
6.對于所有引起線粒體內輔酶A酯類升高的疾病應用左卡尼汀（需注意鑒別長鏈脂肪酸氧化障礙）。