淋菌性眼部感染由于病情險惡，發展迅速，應高度警惕，認真處理。一般細菌性結膜炎以局部抗生素治療為主，而淋菌性感染則需全身應用抗生素合并局部用藥以控制，避免并發癥。
1.全身治療
新生兒可用水劑青霉素G，靜脈注射；對耐藥者給予頭孢三嗪，肌肉或靜脈給藥。也可采用其他第3代頭孢菌素或壯觀霉素等。其他如氨芐青霉素、先鋒霉素Ⅱ、紅霉素、強力霉素、卡那霉素及磺胺制劑也可選用。有角膜病變者，宜用頭孢三嗪。靜脈滴注或壯觀霉素肌注。成人用水劑普魯卡因青霉素G肌肉注射，注射前1小時服羧苯磺胺，注射后繼續減量口服；或用水劑青霉素G靜注，或長效青霉素肌注。對青霉素耐藥及青霉素過敏者，可肌注頭孢三嗪或壯觀霉素。
2.局部治療
用溫鹽水徹底沖洗結膜囊，開始每5～10分鐘1次，逐漸減為15、30分鐘1次，直至分泌物消失。也可滴用0.25%氯霉素、0.1%利福平或桿菌肽等眼藥水。紅霉素、慶大霉素、四環素或桿菌肽眼膏每日睡前涂眼。角膜病變時，用阿托品散瞳。角膜潰瘍穿孔時，在抗生素治療下，行穿透性角膜移植或鞏膜移植。
對患者或患兒父母應進行生殖泌尿系等檢查及治療。