由于迄今為止尚未發現本征有器質性改變，而認為屬肌肉功能異常，與其他臟器功能紊亂一樣，心理因素可能起作用，故治療應以設法恢復肌肉的正常功能為主。首先采用生物反饋與模擬排糞的方法訓練患者，如Bleijenberg用肌電生物反饋與模擬排便的方法訓練患者，效果良好。國內牛虹利用肛管直腸測壓儀協助生物反饋法，訓練患者糾正其排糞時的盆底肌肉異常活動，取得了非常滿意的療效。訓練前消除患者焦慮心理，教會正確的排糞動作也很重要。
其次是直腸內理療、飲食療法等。一般不予手術治療。并發直腸前突或直腸內套疊的患者，當治愈并發癥后，本癥狀亦也得到改善。