潰瘍階段真菌高度生長繁殖，應首選對真菌敏感的藥物。由于真菌常潛伏于角膜組織內，要求藥物與潰瘍面保持連續性的接觸，使藥物在深部組織達到足夠濃度，才能消滅或抑制真菌的活動。藥物包括多烯類、咪唑類和米嘧啶類等。并發虹膜炎者，應使用1%阿托品眼液或眼膏散瞳。忌用糖皮質激素。對于藥物治療無效的病例，需進行手術治療，包括清創、結膜瓣遮蓋和角膜移植術。
